高效液相色譜分析柱的分離效果取決于所選擇的固定相，以及色譜分析柱的制備和操作條件。
色譜是一種分離分析手段，分離是核心，因此擔負分離作用的色譜柱是色譜系統的心臟。對色譜柱的要求是柱效高、選擇性好，分析速度快等。市售的用于HPLC的各種微粒填料如多孔硅膠以及以硅膠為基質的鍵合相、氧化鋁、有機聚合物微球、多孔碳等，其粒度一般為3,5,7,10μm等，柱效理論值可達5~16萬/米。對于一般的分析只需5000塔板數的柱效；對于同系物分析，只要500即可；對于較難分離物質對則可采用高達2萬的柱子，因此一般10~30cm左右的柱長就能滿足復雜混合物分析的需要。
色譜分析柱柱材料：
該柱管常采用內壁經過精密加工拋光的不銹鋼管，以獲得高柱效。不銹鋼管耐溶劑、水和緩沖溶液的腐蝕，使用前色譜柱管先用Trichloromethane、甲醇和水依次清洗，再用50%的hno3對柱內壁作鈍化處理。鈍化時使hno3在色譜柱管中至少滯留10min，以在柱內壁形成鈍化的氧化物涂層。
柱管也采用氟塑料、玻璃和玻璃襯里材料，主要是從抗腐蝕和易加工方面考慮。
保證高效液相色譜分析柱的性能和壽命：
1、認證閱讀使用說明書
2、使用填充良好的色譜分析柱。
3、使用保護柱及在線過濾器。
4、經常以強溶劑沖洗色譜分析柱。
5、色譜分析柱使用溫度*小于400C。
6、盡量減少壓力波動，避免機械及熱沖擊。
7、在水流動相與緩沖濃液中加200ppm的疊氮鈉。
8、充分過濾樣品及流動相，盡量避免雜質微粒與保強留分成。
9、過夜或儲存時，沖洗掉鹽和緩沖液，用純有機溶劑流動相保存。
10、硅膠基質的的色譜分析柱，應保持流動相的PH值范圍在3.0~8.0。
11、流動相中含有緩沖溶液，應注意應95∶5的水及有機溶劑過渡，有機溶劑不能低于5%。
